Das Schloss wurde um 1540 von Christoph von Schleinitz zweiflüglich im Winkel zueinander stehend erbaut. Bei den umfangreichen Bau- und Rekonstruktionsarbeiten in jüngster Vergangenheit wurde auch eine Altersbestimmung des Holzes am Dachstuhl vorgenommen. Diese dendrochronologische Untersuchung ergab, dass dieses Holz 1540 geschlagen wurde. Das dieses Schloss auf einem Vorgängerbau steht, ist an der Nordseite des Gebäudes zu erkennen und auch die Kellergewölbe sind älter als das Schloss selbst.

Vom Schloss ging Weltgeschichte aus: am 24. April 1547 brachen Kaiser Karl V und Herzog Moritz von Sachsen von Hof zur Schlacht von Mühlberg auf, in deren Folge die Kurwürde aus Wittenberg nach Dresden überwechselte und sich das entwickelte, was man heute als Kursachsen bezeichnet.

Im Zuge von Bauarbeiten wurde 1992 eine Kassettendecke freigelegt. In 9 mächtige Eichenbalken sind 88 Kassettenfelder eingefügt. Um 1620 ließ Dietrich von Schleinitz diese Felder mit Bildern der Emblemkunst und ornamentalen Gartendarstellungen füllen. Von den ursprünglich 88 Gemälden waren 82 erhalten bzw. wieder herstellbar. Das hohe Alter, der relativ gute Zustand und die große Anzahl der Bilder machen den besonderen Wert und die Einmaligkeit dieser Decke im mittelsächsischen Raum und darüber hinaus aus.

Die Gemeinde Naundorf hat in einem Flügel dieses Schlosses ihren Verwaltungssitz.